Программа предложит выбор - какую конвертацию проводить: полную, или только измененного.
Конвертацию перед публикацией всегда крайне желательно проводить именно полную.
От этого зависит, как корректность публикации внесенных изменений, так и возможность восстановления проекта с сервера, в случае утраты проекта из-за поломки жесткого диска, переустановки Windows, случайного удаления папки и пр.
Конвертацию измененного можно проводить, если Вы желаете просто посмотреть локально внесенные изменения.
Перед публикацией всегда крайне желательно проводить полную конвертацию.