Чистка файлов - это экстренная мера, на случай, если у Вас:
- заканчивается место на сервере;
- была полная замена публикуемого на сайт проекта;
- проект был опубликован в подпапку;
- были произведены значительные удаления содержимого из проекта.
Потому в этот раз проведите, пожалуйста, полную (в этот раз обязательно, а вообще всегда крайне желательно проводить именно полную) конвертацию и опубликуйте с чисткой файлов на сервере.
Это, конечно, несколько увеличит время публикации, так как будут удалены файлы на сервере, после чего будут опубликованы все файлы, участвовавшие в конвертации (именно потому мы акцентируем, что нужно проводить именно полную конвертацию).
Удалить лишние файлы/страницы с сервера можно только таким способом.
При дальнейших публикациях отметку о чистке файлов на сервере, пожалуйста, снимите. Тогда Публикатор будет сверять файлы проекта с базой и, если файл не изменялся, Публикатор не станет его публиковать, написав "Файл не нуждается в обновлении".
