Со временем на сервере накапливаются файлы, которые были уже удалены из проекта как не актуальные, но не удалены с сервера.

Эти файлы создают излишний занимаемый сайтом(ами) объем выделенного дискового пространства.

Также мы не раз встречались с тем, что неактуальные файлы удалены из проекта, а поисковые системы их видят; либо просто файлы доступны по прямым ссылкам.

Для того, чтоб файлы стали недоступны по прямым ссылкам, а также не занимали дополнительное дисковое пространство, необходимо удалить не используемые более в проекте файлы с сервера.

Удалить с сервера не используемые больше в проекте файлы Вы можете, воспользовавшись функцией очистки файлов.

Для этого проведите, пожалуйста, полную (в этот раз обязательно, а вообще перед публикацией всегда крайне желательно проводить именно полную) конвертацию и опубликуйте сайт, активировав функцию чистки файлов на сервере.

Это, конечно, несколько увеличит в этот раз время публикации, так как будут удалены файлы на сервере, после чего будут опубликованы только файлы, участвовавшие в конвертации (потому позвольте акцентировать, что нужно проводить именно полную конвертацию перед публикацией).

Важно: Чистить файлы при каждой публикации не нужно. Это экстренная мера, на случай, если у Вас: заканчивается место на сервере; была полная замена публикуемого на сайт проекта; проект был опубликован в подпапку; были произведены значительные удаления содержимого из проекта.   При дальнейших публикациях отметку о чистке файлов на сервере, пожалуйста, снимите. Тогда Публикатор будет сверять файлы проекта с теми, что находятся на сервере, и, если файл не изменялся, Публикатор не станет его публиковать, написав "Файл не нуждается в обновлении".

Если после публикации с активированной чисткой файлов, браузер всё еще отображает удаленные файлы, то возможно браузер грузит страницу из кэша.

Почистите, пожалуйста, в таком случае кэш Вашего браузера и обновите страницу.

Как почистить кэш самых распространенных браузеров Вы можете узнать на странице "Кэш. Как почистить кэш самых распространенных браузеров".